Lembaga Penjaminan Mutu Universitas Katolik Santo Thomas (LPM UST) dipipmpin oleh seorang kepala Lembaga yang dibantu oleh sekretaris dan Tata Usaha dan   3 (tiga) bagian yang masing-masing dipimpin seorang Kepala Bagian, yaitu :

1. Bagian Monitoring dan Evaluasi
2. Bagian Audit Mutu Internal
3. Bagian Penjaminan Mutu External

Pusat Pengembangan Standar Mutu Akademik mempunyai tugas melaksanakan pengembangan standar mutu akademik. Pusat Audit dan Pengendalian Mutu mempunyai tugas melaksanakan audit dan pengendalian mutu. Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan layanan administrasi, perencanaan, keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, dan kerumahtanggaan di lingkungan LPM. Stuktur Organisasi LPM UST dapat dilihat pada Bagan berikut.