Mutu Perguruan Tinggi baik menyangkut kualitas mutu akademik maupun non akademik khususnya kualitas SDM, Mutu Lulusan, Mutu Tata Kelola, Mutu Penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi dan mutu layanan perlu dijamin melalui Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) sebagai ujung tombak kendali mutu internal. Maka pada Universitas katolik Santo Thomas dibentuklah sebuah Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) dengan nama awal Lembaga ini adalah Lembaga Perencanaan, Pengembangan dan Jaminan Mutu dan tetapkan pejabat Struktural melalui SK Rektor Nomor 3934/UKS/G.16/05.’09 pada tanggal 27 Mei 2009. Periode berikutnya lembaga ini berubah menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM). Pimpinan LPM mulai dibentuk adalah Dr. Donalson Silalahi, SE., M.Si, Prof. Dr. Ir. Posman Sibuea, MS dan Dr. Berman Hutahaean, M.Pd. Pada periode selanjutnya yaitu untuk masa tugas 2021-2025 kembali diangkat Pimpinan LPM dengan Surat Keputusan Rektor Nomor 1686/UKS/G.16/2021 tertanggal 11 Mei 2021.

       Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas Katolik Santo Thomas adalah Lembaga yang mempunyai peran penting dalam meningkatkan mutu di Universitas. Tujuan utama dari Lembaga Penjaminan Mutu Universitas Katolik Santo Thomas adalah memelihara dan menjaga mutu di Universitas secara berkelanjutan yang dijalankan secara internal untuk mewujudkan Visi, Misi, Tujuan dan Sasaran Universitas Katolik Santo Thomas, serta untuk memenuhi kebutuhan stakeholders melalui penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi. Hal ini sesuai dengan himbauan pemerintah dalam Undang-Undang No.20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan diatur pada Peraturan Pemerintah No.19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan.Standar Nasional Pendidikan sesuai Permenristek Dikti No.44 Tahun 2015 yang meliputi Standar Nasional Pendidikan (8 standar), Standar Nasional Penelitian (8 Standar), Standar Nasionl Pengabdian kepada Masyarakat (8 Standar), ditambah Standar Perguruan Tinggi (15 Standar) baik bidang Akademik maupun Non Akademik. Dalam melaksanakan penjaminan mutu di Universitas Katolik Santo Thomas adalah dengan menerapkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang berfungsi sebagai tolak ukur untuk menilai mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi.Mekanisme SPMI diawali dengan meingimplementasikan SPMI melalui siklus PPEPP yaitu Penetapan Standar, Pelaksanaan Standar, Evaluasi Pelaksanaan Standar, Pengendalian Standar dan Peningkatan Standar. Keberadaan SPMI Universitas Katolik Santo Thomas diharapkan dapat mewujudkan dan meningkatkan budaya mutu serta tata kelola yang unggul di Universitas Katolik Santo Thomas.